PENGARUH HIDRASI PADA PROTEIN DALAM KEADAAN NORMAL DAN BERLEBIH MENGGUNAKAN METODE COARSE-GRAINING DAN ANALISIS ENERGI BEBAS

1.Abstract

Objek pada penelitian ini adalah protein dalam kondisi normal dan protein dalam kondisi berlebih. Protein dalam kondisi normal direpresentasikan oleh satu buah protein sementara protein dalam kondisi berlebih direpresentasikan oleh empat buah protein. Air memainkan peran penting dalam mendefinisikan struktur dan fungsi molekul-molekul di dalam sel. Protein pada kedua kondisi akan dihidrasi melalui simulasi dinamika molekuler. Simulasi untuk protein, sebagai sistem biopolimer, memerlukan waktu relaksasi yang panjang agar diperoleh hasil dinamika sampel yang baik. Simulasi dinamika molekuler dengan metode coarse graining (CG) dapat mengakses skala waktu yang lebih besar sehingga waktu relaksasi yang diperlukan dapat dipersingkat. Metode ini memudahkan simulasi untuk dicapainya kondisi protein dalam kesetimbangan. Dalam kondisi setimbang, besaran energi bebas Gibbs dapat ditinjau sebagai parameter untuk menunjukkan keadaan native pada protein.

2.Keywords
Coarse graining, Energi Bebas, Hidrasi, Protein
3.Objective

(a) Mengetahui struktur satu buah protein yang telah stabil melalui metode coarse graining pada keadaan hidrasi. (b) Mengetahui energi bebas satu buah protein yang telah stabil melalui metode coarse graining pada keadaan hidrasi. (c) Mengetahui struktur empat buah protein yang telah stabil melalui metode coarse graining pada keadaan hidrasi. (d) Mengetahui energi bebas empat buah protein yang telah stabil melalui metode coarse graining pada keadaan hidrasi. (e) Mengetahui perbandingan struktur dan energi bebas antara satu buah protein dengan empat buah protein yang masing-masing telah stabil melalui metode coarse graining pada keadaan hidrasi.

4.Methodology

Penelitian dilakukan dengan simulasi menggunakan perangkat lunak Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD) 2.12 dan Visual Molecular Dynamics (VMD) 1.9.3. Simulasi dilakukan dengan model coarse-graining

5.Team

Retno Dewi P

6.Computation plan (required processor core hours, data storage, software, etc)

GPU node
software: namd

7.Source of funding
8.Target/outputs
Laporan Tugas Akhir
9.Date of usage
02/10/2018 - 31/12/2018
10.Gpu usage
use gpu
11.Supporting files
prop_1538395107.pdf
12.Created at
01/10/2018
13.Approval status
approved