PENGGUNAAN METODE THERMODYNAMICS INTEGRATION UNTUK MEMPELAJARI INTERAKSI ANTARA PEPTIDA SIKLIS DENGAN ENZIM NEURAMINIDASE H5N1

1.Abstract

Avian Influenza/H5N1 merupakan salah satu ancaman bagi kesehatan masyarakat di dunia (WHO, 2012). Indonesia merupakan Negara yang memiliki mortalitas H5N1 terbanyak di seluruh ASEAN (U S F Tambunan, Limanto, & Parikesit, 2010). Sementara itu, obat yang sudah ada, salah satunya Oseltamivir, diketahui sudah resisten oleh virus H5N1 (Moscona, 2009; Usman Sumo Friend Tambunan & Parikesit, 2013). Oleh karena itu, diperlukan obat baru untuk menghadapi virus ini.
Enzim neuraminidase merupakan target yang paling umum digunakan dalam pengembangan obat avian influenza H5N1 (Tian et al., 2011). Neuraminidase membantu pelepasan virus yang baru terbentuk dari dalam sel dan memfasilitasi proses awal infeksi virus ke dalam sel (An et al., 2009). Dalam penelitian ini, neuraminidase merupakan protein target bagi ligan peptide siklis yang diambil dari koleksi yang juga dikembangkan dalam penelitian sebelumnya (Usman Sumo Friend Tambunan, Parikesit, Dephinto, & Sipahutar, 2014). Kemudian, molecular dynamics (MD) dilakukan untuk menguji kecocokan ikatan antara ligan dan protein, yang dilanjutkan dengan molecular dynamics untuk menguji fungsi reaksi terhadap waktu. Langkah selanjutnya adalah penggunaan metode Thermodynamics integration (TI) untuk memvalidasi metode molecular dynamics.

2.Keywords
Avian Influenza, H5N1, neuraminidase
3.Objective

Tujuan dari penggunaan metode TI adalah mengkomputasi perbedaan property thermodinamika (biasanya energy bebas) dari suatu system, antara standar/referensi dengan keadaan yang diamati (Apte, 2009).
TI dilakukan untuk menguji siklus termodinamika dari interaksi kimia antara siklis peptida dan neuraminidase tersebut. Selanjutnya lead compounds dari hasil penapisan ini akan menjadi kandidat obat terbaik untuk avian influenza H5N1, untuk diuji di laboratorium.

4.Methodology

1 Studi literaturThermodynamics Integration
2 Koleksi dan integrasi data dari simulasi Molecular Docking dan Dynamics
3 Eksekusi simulasi Thermodynamics Integration
4 Perbandingan antara hasil Molecular Docking/Dynamics dengan Thermodynamics Integration
5 Penulisan laporan hasil riset

5.Team

Grup riset Bioinformatika Universitas Indonesia dipimpin oleh Prof. Dr. Usman Sumo Friend Tambunan dan Dr. Arli Aditya Parikesit sebagai asisten ketua

6.Computation plan (required processor core hours, data storage, software, etc)

Software: NAMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/) , VMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/), GROMACS, Open Babel, Vegazz

7.Source of funding
8.Target/outputs
9.Date of usage
11/01/2014 - 11/10/2014
10.Gpu usage
-
11.Supporting files
prop_1415862072.pdf
12.Created at
13/11/2014
13.Approval status
approved