ANALISIS ENERGI BEBAS PROTEIN TERSOLVASI MENGGUNAKAN MODEL MEDAN GAYA ALL-ATOM

1.Abstract

Protein HER2 merupakan protein reseptor pada sel payudara yang pada keadaan normal bekerja dalam membantu mengontrol bagaimana sel payudara yang sehat tumbuh, membelah, dan memperbaiki dirinya sendiri. Namun pada sekitar 25% kasus kanker payudara, ekspresi berlebih pada protein HER2 memicu terjadinya perkembangan kanker payudara. Di dalam sel, protein tersolvasi oleh air, sehingga pada penelitian ini akan dibahas tentang bagaiman dinamika protein HER2 yang tersolvasi di dalam air serta menganalisis energi bebasnya untuk mengetahui kestabilan protein tersebut saat tersolvasi. Untuk itu digunakanlah simulasi dinamika molekular dengan model medan gaya all-atom. Dengan menggunaan metode all-atom ini, kita dapat mengetahui dinamika protein dengan lebih spesifik karena metode ini memperhitungkan interaksi dari setiap atom yang disimulasikan di dalam program.

2.Keywords
Dinamika Molekuler, Energi Bebas, Medan Gaya, All-Atom, HER2
3.Objective

Tujuan dari penelitian ini adalah sebagai berikut.
1. Untuk mengetahui dinamika pada protein dalam keadaan tersolvasi.
2. Untuk mengetahui struktur protein yang stabil pada keadaan tersolvasi
3. Untuk mengetahui energi bebas dari protein tersolvasi yang stabil

4.Methodology

Simulasi dinamika molekuler dengan all-atom akan dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Nanoscale Molecular Dynamics 2.12 (NAMD 2.12) dan perangkat lunak Visual Molecular Dynamics 1.9.3 (VMD 1.9.3).

5.Team

Veni Oktavia

6.Computation plan (required processor core hours, data storage, software, etc)

GPU node
software: NAMD

7.Source of funding
8.Target/outputs
Laporan Tugas Akhir
9.Date of usage
18/01/2019 - 30/04/2019
10.Gpu usage
use gpu
11.Supporting files
prop_1547437777.pdf
12.Created at
14/01/2019
13.Approval status
approved