Pengaruh Hidrasi pada Protein Kompleks dan Stabilitasnya dengan menggunakan Metode Coarsed-Grained

1.Abstract

Penelitian ini dilakukan untukuntuk mengetahui pengaruh hidrasi dan stabilitasnya pada protein kompleks, untuk mengetahui bentuk struktur protein kompleks dan untuk mengetahui keadaan energi pada protein kompleks yang stabil. Metoda yang digunakan adalah coarsed-grained method. Hasil yang diharapkan adalah mengetahui bentuk struktur protein kompleks. Data stabilitas protein kompleks digunakan untuk analisis fisis. Pengaruh hidrasi pada kestabilan protein kompleks. Informasi ini diharapkan agar dapat dijadikan acuan untuk eksperimen pada skala laboratorium.

2.Keywords
Hidrasi protein kompleks, stabilitas, metode coarsed-grained
3.Objective

Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh hidrasi dan stabilitasnya pada protein kompleks. Untuk mengetahui bentuk struktur protein kompleks. Untuk mengetahui keadaan energi pada protein kompleks yang stabil.
 

4.Methodology

Penelitian protein kompleks ini dilakukan dengan pendekatan simulasi. Studi variasi parameter keadaan yang dapat menyesuaikan (struktur, koordinat, temperature), parameter simulasi (medan gaya), parameter integrator (time step, rigid bonds), kontrol temperatur konstan, periodic boundary condition, particle mesh ewald, kontrol tekanan konstan. Karakterisasi protein kompleks dapat dihitung dengan metode komputasi berbasis coarsed-grained method. Penelitian ini menggunakan paket perangkat lunak NAMD 2.11 dengan perhitungan charm++ dan pseudoatom digunakan sebagai perhitungan.

Struktur protein kompleks akan diterapkan untuk mencari stabilitas protein kompleks dengan variasi hidrasi. Kemudian dilakukan simulasi dengan berbagai macam parameter keadaan seperti suhu, struktur dan koordinat hidrasi. Komputer kinerja tinggi (HPC) diperlukan untuk melakukan perhitungan.
 

5.Team

Dian Fitrasari

6.Computation plan (required processor core hours, data storage, software, etc)

Required processor core hours : 34 node, 2 processors per node, 4 cores per processors
Data storage : 8 GB RAM DDR3-1600, 500 GB HD SATA
Software : NAMD 2.11

7.Source of funding
Pribadi
8.Target/outputs
Publikasi nasional dan internasional
9.Date of usage
28/04/2016 - 28/02/2017
10.Gpu usage
use gpu
11.Supporting files
prop_1461762798.pdf
12.Created at
27/04/2016
13.Approval status
approved