PEMODELAN BIO MOLEKUL- LOGAM TRANSISI KOMPLEKS KOORDINASI PARAMAGNETIK DI DALAM HIPERAKUMULATOR Ni

1.Abstract

Salah satu teknik remediasi yang cukup menjanjikan pada daerah pertambangan adalah dengan menggunakan tumbuhan hiperakumulator .Tumbuhan Hiperakumulator adalah tumbuhan yang mampu menyerap dan mengakumulasi ion-ion logam di dalam jaringannya. Agar tanaman dapat bertahan terhadap keberadaan logam di dalam jaringannya, maka tanaman haruslah memiliki mekanisme biologi tertentu ketika ion logam berada di dalam sel . Namun demikian, diyakini bahwa ion logam transisi yang masuk ke dalam jaringan berikatan dengan protein. Berdasarkan tingkat afinitas ion logam terhadap ligand dirutkan sebagai Mn2+

2.Keywords
Hiperakumualtor Ni, Bio molekul-Ni
3.Objective

Telah ada beberapa teknik dan metoda identifikasi hiperakumulator. Namun belum ada teknik dan metoda identifikasi hiperakumulator Ni dengan pendekatan sifat kemagnetannya (biomagnetic). Oleh karena itu, diperlukan upaya untuk memahami sifat fisika dari biomolekul yang mengadung Ni/Fe di dalam jaringan tanaman.

4.Methodology

Adapun langkah langkah penelitian yang akan dilakukan adalah sebagai berikut:
1. Mengidentifikasi bio molekul yang diketahui berikatan dengan logam transisi di dalam hiperakumulator. Untuk sementara diketahui logam transisi berikatan dengan bio molekul berikut: (1). histidine, (2) methionine, (3) cysteine, (4) tyrosine, (5) aspartic (6) dan (7) glutamic acid.
2. Menyusun simulasi senyawa kompleksi paramagnetik jika bio-molekul pada poin satu berikatan dengan Ni dan Fe dengan softwere namd.
3. Menyusun model dinamika molekular dengan softwere Gromacs dari molekul pada poin 2.
4. Menyusun (i) perhitungan Ground State (ii) optimasi strutur, (iii) Dinamika Molekular Ab-Initio dan (iv) sifat spectroscopy dengan menggunakan softwere quantum espresso.
 

5.Team
6.Computation plan (required processor core hours, data storage, software, etc)

Adapun langkah langkah penelitian yang akan dilakukan adalah sebagai berikut:
1. Mengidentifikasi bio molekul yang diketahui berikatan dengan logam transisi di dalam hiperakumulator. Untuk sementara diketahui logam transisi berikatan dengan bio molekul berikut: (1). histidine, (2) methionine, (3) cysteine, (4) tyrosine, (5) aspartic (6) dan (7) glutamic acid.
2. Menyusun simulasi senyawa kompleksi paramagnetik jika bio-molekul pada poin satu berikatan dengan Ni dan Fe dengan softwere namd.
3. Menyusun model dinamika molekular dengan softwere Gromacs dari molekul pada poin 2.
4. Menyusun (i) perhitungan Ground State (ii) optimasi strutur, (iii) Dinamika Molekular Ab-Initio dan (iv) sifat spectroscopy dengan menggunakan softwere quantum espresso.
 

7.Source of funding
Pribadi
8.Target/outputs
Jurnal International
9.Date of usage
05/12/2016 - 31/08/2017
10.Gpu usage
-
11.Supporting files
prop_1480566239.pdf
12.Created at
01/12/2016
13.Approval status
approved